W-ZERO3 自体のハードウェアではないのですが。
http://panasonic.jp/support/audio/sd/download/sd_formatter.html
これを使って、miniSDカードをフォーマットしてあげると動作が安定する（？）ようです。
PCでフォーマットするよりはいいとのこと。
劇的に高速化！とは行きませんが、体感的には読み書きが高速になっているような気がします。
合計 1.8GB程度をminiSDからPCにコピー（PCのSDカードスロットを使って）するのが、
PCフォーマット・・・約15分
上記フォーマッタ・・・約10分
でした。
ということは、確かに動作も安定しそうな感じ。