自分のための覚え書き。
MS 松崎さんのブログの記事が非常に役に立ちます。
http://blogs.msdn.com/tsmatsuz/archive/2006/08/24/717026.aspx
4回シリーズなので、順番に読んでみるといいでしょう。
記事は Visual Studio 2005 で書いてありますが、Visual Studio 2008 でもほとんどそのまま使えます。
（VS が自動的にやってくれる部分があるのでそこをお任せすればいいだけの違い、結局ラクになるという違いがあるだけ）
ワークフローフォームのあたりの Visual Studio の対応が、もうちょっとこなれてくるともっといい気がします。
ワークフロー自体の開発は非常に簡単になったのに、フォームが絡むと面倒で定型的なコードを手作業で書きましょうという部分が出てきてしまう。
その点、カスタマイズは難しいけど、SharePoint Designer のワークフロー対応はほとんどノンコーディングなのがすごい。
結局、カスタマイズの要・不要で SharePoint Designer を使うか、Visual Studio を使うかってことなんでしょうけど、SharePoint Designer の範囲を超えると一気にハードルが高くなっているところが悩ましい。