MSBuild完全攻略
http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/special/msbuild01/msbuild01_01.html
MS製の自動ビルドツールですね。
Patterns & Practicesの成果物のひとつです。
Visual Studio 2005が内部的に利用していて必ずしも意識して使う必要もないのですが、まあ知っているといざという時に役に立つかもしれません。
ビルド担当を立てるくらいの規模の開発では、この辺の知識がないと辛いかな。
Ant ( .NETでは NAnt) と比較されることが多いですが、無理して比較する必要はないと思います。
NUnitとVisual Studio 2005のテスティングフレームワークとを比較する必要がないのと同じ。
どちらかを自分の標準として（あるいは自社の標準として）使っていて、何か効果的なメリットが見つかるようであれば、もう一方も使えばいいでしょう。
完全に白黒をつける必要はありません。
MSBuildに比べると確かにNAntの方が高機能なようですが、Visual Studio自体が高機能なのでMSBuildの機能でも特に不都合は見当たりません。